平成１９年度税制改正において廃止の方向となった資本金１億円以下の中小企業者に対する同族会社の特別税率（いわゆる留保金課税）ですが、平成１８年度においては一部改正された上で特定同族会社の特別税率として存続しているので注意が必要です。
課税される留保所得に対する税率は従来通り、年３，０００万円以下の金額が１０％、年３，０００万円超から年１億円以下の金額は１５％、年１億円超の金額は２０％と変更はありませんが、対象となる同族会社の範囲や課税留保所得を算定する際の留保控除額が変更されています。
まず対象となる同族会社の範囲についてですが、これまでは同族会社（株主と特殊関係にある個人と法人を一つの株主グループとし、その持株数の多い順に３グループまでの持株数の合計が、発行済株式数の５０％を超えている会社）すべてが対象となっていましたが、これが特定同族会社（持株数が一番多い株主グループだけで発行済株式数の５０％を超えている会社もしくは議決権数が一番多い株主グループだけで議決権総数の５０％を超えている会社）に変更されています。これにより共同経営のような会社においては留保金課税の対象から外れる可能性があります。
次に留保所得計算上の留保控除額の変更についてですが、これまでは積立金基準額（期末資本金の２５％相当額から期首利益積立金額を控除したもの）、所得基準額（課税所得に一定の調整を加えたものの３５％相当額）と定額基準額（年１，５００万円）の３つのうち多い金額とされていました。
これが積立金基準額（変更なし）、所得基準額（課税所得に一定の調整を加えたものの４０％相当額、資本金１億円以下の中小特定同族会社は５０％相当額）と定額基準額（年２，０００万円）に加え、資本金１億円以下の特定同族会社については更に自己資本基準額（前期末自己資本比率が３０％に満たない場合のその満たない部分に相当する金額、具体的には前期末の総資産額から前期末の自己資本額を減算した金額の７分の３相当額から前期末自己資本額を減算した金額、税法上の金額のため決算書上の金額とは若干の差があります）のうち多い金額とされました。
なお平成１５年度から適用されていた自己資本比率が５０％以下の場合の留保金課税の適用除外規程（資本金１億円以下の中小企業者に限る）については、平成１７年度（平成１８年３月３１日までに開始する事業年度）で終了しているので併せて注意が必要です。
