年末調整は、給与所得者の扶養控除等申告書を提出した居住者で、その年中にその居住者に対し支払うべきことが確定した給与等（他にその年中に扶養
控除等申告書を提出した先からの給与支払いがある場合にはその給与等を含む）の金額が2,000万円以下である者が対象となります。（所法190）
従いまして、上記に当てはまる従業員であれば年末調整の対象となりますので、給与所得者の保険料控除申告書が提出されておらず、ご自身で確定申告をされる従業員についても年末調整をする必要があります。
ただし、ご質問のように中途入社された従業員で就職前に他の勤務先から給与の支給を受けていた場合については、他の勤務先から支給を受けた給与とその給与から控除された源泉徴収税額及び社会保険料等を含めて年末調整をする必要があります。
したがって、前職の源泉徴収票を提出いただけず確認できない場合は年末調整を行うことができませんので、年末調整を行わず、本年最後の給与についても通常の月分の給与と同様に源泉所得税を徴収し、源泉徴収票を作成することになります。
